ดอกของบอนสีเป็นดอกสมบูรณ์เพศมีเกสรตัวผู้และตัวเมียอยู่ในดอกเดียวกัน ประกอบด้วยช่อดอกหรือปลีมีลักษณะเป็นแท่งทรงกระบอก และกาบหุ้มดอกหรือกาบหุ้มปลีสีเขียวอ่อนหุ้มช่อดอกไว้ภายใน ระหว่างความยาวของกาบหุ้มปลีดอกบริเวณส่วนกลางจะคอดลงคล้ายแบ่งออกเป็นสองส่วน ส่วนบนเป็นที่อยู่ของเกสรตัวผู้ ส่วนล่างเป็นที่อยู่ของเกสรตัวเมีย หลังจากออกดอกแล้วประมาณ 1 เดือน เกสรตัวเมียจะบานก่อนในคืนแรกประมาณ 19.00-20.00 น. และมีกลิ่นหอม เกสรตัวผู้จะบานในคืนถัดไปเวลาประมาณ 19.00-21.00 น. มีกลิ่นหอมเหมือนคืนแรก กาบหุ้มดอกจะบานออกเห็นเกสรตัวผู้เป็นผงสีเหลืองอ่อนอยู่ตอนบนของปลีดอก เมื่อเกสรตัวผู้ของบอนต้นที่คัดเลือกไว้เป็นพ่อพันธุ์บานให้ใช้พู่กันขนาดเล็กที่สะอาดป้ายเกสรตัวผู้ใส่ภาชนะทึบแสงที่แห้งและสะอาด ปิดฝาให้สนิทเก็บไว้ในที่ชื้นหรือในตู้เย็น เกสรตัวผู้สามารถเก็บไว้ได้ 10-15 วัน เมื่อดอกของบอนต้นที่คัดเลือกไว้สำหรับเป็นแม่พันธุ์บานและมีกลิ่นหอมพร้อมที่จะผสมพันธุ์ ให้ใช้มีดคมปลายแหลมที่สะอาดปาดที่กลีบหุ้มเกสรตัวเมีย ให้เป็นช่องใหญ่พอที่จะใช้พู่กันขนาดเล็กสอดเข้าไปได้ ใช้พู่กันขนาดเล็กและสะอาดแตะเอาเกสรตัวผู้ในภาชนะที่เก็บไว้สอดเข้าไปในรังไข่หรือกระเปาะเกสรตัวเมียแล้วป้ายเกสรตัวเมีย เพื่อให้มีการผสมเกสร หลังจากที่ทำการผสมเกสรแล้วให้ใช้ถุงพลาสติกที่มีขนาดโตกว่าดอกบอน เจาะรูระบายอากาศเล็กๆ 2-3 รู คลุมดอกบอนไว้ มัดปากถุงพอแน่น เพื่อป้องกันน้ำและแมลงเข้าไปรบกวนดอกบอน ประมาณ 7 วันถ้าดอกเหี่ยวแสดงว่าการผสมไม่ได้ผล หากผสมติดดอกบอนจะใหญ่ขึ้นกว่าปกติ ปลีเกสรตัวผู้จะแห้ง บริเวณรังไข่จะมีผลบอนลักษณะคล้ายเมล็ดข้าวโพดสีดำเล็กๆ เกาะอยู่โดยรอบคล้ายฝักข้าวโพด แต่ละฝักจะมีผลอยู่ประมาณ 100 ผล และในแต่ละผลจะมีเมล็ดประมาณ 1-5 เมล็ด ประมาณ 30 วันหลังจากผสมเกสรผลจะร่วง ให้นำผลมาบี้กับกระดาษหรือจานเพื่อให้เมล็ดที่อยู่ภายในกระจายออก นำเมล็ดที่ได้ไปเพาะเมล็ดต่อไป