การผสมพันธุ์ เป็นการขยายพันธุ์อีกวิธีหนึ่งที่ผู้ผสมมีจุดประสงค์เพื่อให้เกิดโป๊ยเซียนพันธุ์ใหม่ๆ ที่ดีขึ้น โป๊ยเซียนต้นใหม่ที่ได้จากการผสมพันธุ์จะมีลักษณะแตกต่างไปจากต้นพ่อพันธุ์แม่พันธุ์ ซึ่งอาจจะดีกว่าหรือด้อยกว่าก็ได้ ในปัจจุบันผู้ปลูกเลี้ยงโป๊ยเซียนได้ผสมพันธุ์โป๊ยเซียนขึ้นมาใหม่มากมาย ได้มีการจดทะเบียนตั้งชื่อแตกต่างกัน ชื่อแต่ละชื่อจะมีลักษณะไปในทางที่เป็นสิริมงคลแทบทั้งสิ้น พันธุ์ใดที่มีลักษณะดี ดอกใหญ่ สีสวยแปลกตา ดอกบานทน ก็จะได้รับความนิยมในหมู่ผู้ปลูกเลี้ยง วิธีการผสมพันธุ์โป๊ยเชียนมีขั้นตอนดังนี้

• เลือกต้นพ่อพันธุ์แม่พันธุ์ที่มีลำต้นอวบใหญ่ แข็งแรง ใบใหญ่หนาสีเขียวสดใส หนามใหญ่ ดอกใหญ่สีสวย จำนวนดอกมากกว่า 8 ดอก ต้นแม่พันธุ์ควรเป็นต้นที่ติดเมล็ดง่าย และต้นพ่อพันธุ์แม่พันธุ์ไม่ควรมาจากสายพันธุ์เดียวกันเพราะจะทำให้ต้นลูกที่ได้มีลักษณะด้อยไปกว่าเดิม การเลือกพ่อพันธุ์แม่พันธุ์ที่ลักษณะดีและสายพันธุ์ถูกต้องจะทำให้ลูกไม้ที่ได้จากการผสมมีโอกาสเป็นโป๊ยเซียนพันธุ์ใหม่ที่มีลักษณะดีกว่าเดิม
• การผสมพันธุ์โป๊ยเซียนสามารถทำได้ทุกฤดู แต่ฤดูที่เหมาะสมควรเป็นฤดูหนาว ช่วงเดือนพฤศจิกายนถึงเดือนกุมภาพันธ์ ซึ่งเป็นช่วงที่โป๊ยเซียนมีความอุดมสมบูรณ์ ออกดอกมาก เมล็ดที่ได้มีขนาดใหญ่เมื่อนำไปเพาะจะได้ลูกไม้ที่แข็งแรงสมบูรณ์
• สังเกตความพร้อมของเกสรตัวผู้และเกสรตัวเมีย ดอกโป๊ยเซียนเป็นดอกสมบูรณ์เพศมีเกสรตัวผู้และตัวเมียอยู่ในดอกเดียวกัน เกสรตัวเมียอยู่ตรงกลางดอกและบานก่อนเกสรตัวผู้ประมาณ 2-3 วัน การสังเกตเกสรตัวเมียว่าพร้อมที่จะผสมพันธุ์หรือไม่ให้สังเกตที่เกสรตัวเมียจะมีน้ำเหนียวเยิ้มออกมา หลังจากเกสรตัวเมียบาน 2-3 วัน จะมีก้านชูเกสรตัวผู้ขึ้นมาบริเวณกลางดอกประมาณ 5-7 อัน ละอองเกสรตัวผู้ที่พร้อมจะผสมพันธุ์จะมีลักษณะเป็นขุยๆ สีเหลือง
• การถ่ายละอองเกสรควรทำในช่วงเช้า 7.00-9.00 น. เพราะเป็นช่วงที่ดอกโป๊ยเซียนสดชื่นและมีความพร้อมที่จะผสมพันธุ์ การถ่ายละอองเกสรทำได้โดยใช้พู่กันขนาดเล็กแตะยอดเกสรตัวผู้ของต้นพ่อพันธุ์ แล้วนำไปแตะกับเกสรตัวเมียที่พร้อมผสมพันธุ์ของต้นแม่พันธุ์ การผสมควรทำซ้ำ 2-3 ครั้ง จากนั้นคลุมด้วยถุงพลาสติกเจาะรูระบายอากาศเพื่อป้องกันแมลงมาผสมซ้ำ บันทึกชื่อพ่อพันธุ์ แม่พันธุ์ วันและเวลาที่ผสมผูกติดกับถุงพลาสติก
• หลังจากผสมเกสรเสร็จแล้วประมาณ 7 วัน กลีบดอกจะเริ่มเหี่ยว เมล็ดจะเริ่มขยายตัวเป็นพูจำนวน 3 พู ชูสูงขึ้นมาอย่างเห็นได้ชัด หลังจากนั้นเมล็ดจะค่อยๆ เปลี่ยนเป็นสีน้ำตาลคล้ายเมล็ดพริกไทย
• การเก็บเมล็ดควรเก็บเมล็ดที่แก่เต็มที่ มีลักษณะแห้ง สีน้ำตาลคล้ำ การเก็บควรเก็บในช่วงเช้าเพราะช่วงบ่ายเปลือกที่หุ้มเมล็ดจะแห้งและอาจดีดเมล็ดให้กระเด็นออกมาได้ การใช้ถุงพลาสติกใบเล็กๆ คลุมที่ดอกที่ผสมติดจะช่วยให้เมล็ดแก่ที่ถูกดีดออกมาตกอยู่ภายในถุงไม่หายไปไหน นำเมล็ดโป๊ยเซียนที่ได้ไปทำการเพาะเมล็ดต่อไป