โรคใบจุด

เกิดจากเชื้อรา ระบาดมากในช่วงฤดูฝนซึ่งสภาพอากาศมีความชื้นสูง มักเกิดบนใบบัวที่แก่ อาการของโรคจะเป็นแผลหรือจุดวงกลมสีเหลือง เมื่อแผลขยายกว้างจะเปลี่ยนเป็นสีน้ำตาล ตรงกลางแผลแห้ง ป้องกันและแก้ไขโดยเด็ดใบที่แก่หรือเป็นโรคทิ้ง

โรคเน่า

มักเกิดกับบัวกลุ่มอุบลชาติและบัวกระด้ง สาเหตุเกิดจากดินที่ใช้ปลูกมีมูลสัตว์ที่ยังเน่าเปื่อยไม่หมด ทำให้หัว เหง้า หรือโคนต้นเละ ต้นแคระแกนและตาย เมื่อเห็นว่าต้นแสดงอาการควรรีบนำต้นขึ้นมาตัดส่วนที่เน่าทิ้ง เปลี่ยนดินปลูกใหม่ หรือเก็บต้นและดินบริเวณที่เป็นโรคทำลายทิ้งเสีย

เพลี้ยไฟ

มักเกิดกับบัวที่ยังอ่อนอยู่ ทำให้ใบหงิกไม่คลี่ ด้านหลังใบจะมีรอยช้ำเป็นสีชมพูเรื่อๆ ต่อมาจะแห้งและดำ ถ้าเข้าทำลายดอกและก้านดอกจะทำให้ดอกที่ตูมอยู่เหี่ยวและแห้งเป็นสีดำ ก้านดอกแห้งเป็นสีน้ำตาลและหักง่าย

เพลี้ยอ่อน

จะดูดกินน้ำเลี้ยงบริเวณโคนก้านดอก ก้านใบ และใบอ่อนที่โผล่เหนือน้ำ ลักษณะเป็นจุดสีน้ำตาลดำ ทำให้ดอกตูมและใบมีขนาดเล็ก สีเหลืองซีดและแห้งตาย

หนอน

ได้แก่ หนอนชอนใบ, หนอนกระทู้, หนอนผีเสื้อ, หนอนกอ จะดูดน้ำเลี้ยงและกัดกินใบบัว

หนอนและแมลงที่กล่าวมาสามารถกำจัดและควบคุมได้โดยใช้ โมโนโครโตฟอส (Monocrotophos) ซึ่งมีชื่อทางการค้าว่า อะโซดริน60 (Azodrin60) มาลาไธออน (Malathion) ซึ่งมีชื่อทางการค้าว่า มาลาเฟซ (Malafez) โดยใช้ในอัตรา 1 ซีซี. ต่อน้ำ 1 ลิตร ฉีดพ่นทุกๆ สัปดาห์จนกว่าหนอนและแมลงศัตรูจะหมด

หอย

จะเป็นตัวบอกว่าน้ำในบ่อดีหรือเสีย ถ้าน้ำเสียออกซิเจนในน้ำมีไม่เพียงพอหอยจะลอยตัวหรือเกาะอยู่ตามขอบบ่อเพื่อหาออกซิเจนหายใจ ถ้าเป็นเช่นนี้ให้รีบเปลี่ยนถ่ายน้ำในบ่อปลูก แต่ถ้าในบ่อมีหอยมากเกินไปหอยจะอาศัยดูดน้ำเลี้ยงจากใบอ่อนหรือทำให้ก้านใบขาดได้ จึงควรกำจัดออกบ้างโดยการเก็บออก หรือถ้าปลูกในบ่อที่มีขนาดใหญ่อาจจะเลี้ยงปลาช่อนให้ช่วยกินตัวอ่อนของหอยก็ได้