ดอกโกสนจัดเป็นดอกไม่สมบูรณ์เพศ คือดอกตัวผู้และดอกตัวเมียแยกกันอยู่คนละดอกในต้นเดียวกัน โดยจะออกดอกที่บริเวณยอดกิ่งเป็นช่อเล็กๆ ยาวประมาณ 8-10 นิ้ว ตามปกติโกสนจะออกดอกเป็น 2 ช่อ โดยช่อดอกที่มีเกสรตัวเมียจะออกก่อน มีลักษณะก้านดอกสั้น ในหนึ่งช่อมีดอกประมาณ 10-20 ดอก แต่ละดอกมีกลีบเลี้ยง 5 กลีบ กลีบดอก 5-6 กลีบ มีปลายเกสรตัวเมียเป็น 3 แฉก มีรังไข่ 3 ช่อง อยู่ติดกับก้านดอก ส่วนช่อดอกตัวผู้จะออกตามหลังช่อตัวเมียในยอดเดียวกัน ก้านช่อดอกจะยาวกว่าช่อดอกตัวเมีย ดอกบานเป็นรูปกลมคล้ายดอกกระทุ่ม มีเกสรตัวผู้สีเหลือง เมื่อดอกบานแล้วเกสรตัวผู้จะร่วงจากก้านช่อดอกเพื่อผสมกับเกสรตัวเมียที่ช่อดอกตัวเมีย เมื่อดอกตัวเมียได้รับการผสมกับเกสรตัวผู้ก็จะติดผล ผลอ่อนของโกสนจะมีสีเขียวอ่อน เมื่อแก่ผลจะมีสีม่วงคล้ำเกือบดำขนาดเท่าเม็ดพริกไทยและจะแตกออกพร้อมกับดีดเมล็ดกระเด็นออกไป ระยะตั้งแต่ติดผลจนผลแก่แตกออกจะใช้เวลาประมาณ 6-8 สัปดาห์ ในการผสมพันธุ์โกสนเพื่อให้ได้โกสนพันธุ์ใหม่จะใช้วิธีช่วยผสมเกสร โดยนำเกสรตัวผู้จากต้นหนึ่งไปผสมกับเกสรตัวเมียของโกสนอีกต้นหนึ่งที่มีสายพันธุ์คนละสายพันธุ์ เมื่อติดผลจนเป็นผลแก่จึงนำเอาเมล็ดไปเพาะต่อไป